中國水利工程檔案管理存在的問題主要如下：

一是管理意識淡薄，影響檔案完整。當前我國水利工程檔案管理手段落后的情況沒有根本改變，個別單位負責人及檔案管理者，對水利工程檔案管理的重要性認識不足，重視程度不夠，沒有把檔案工作滲透到水利工程建設的全過程，缺乏相應的管理制度來規(guī)范日常的水利工程檔案管理行為，致使水利工程檔案的收集、整理不及時，甚至延誤，影響了檔案收集整理、歸檔的時效性和完整性；

二是管理機構不全，檔案殘缺丟失。一些單位沒有設置獨立的檔案管理部門，只是把檔案管理工作納入綜合部門的管理職能。雖然制定了相關的規(guī)章制度，但大多是流于形式，沒有形成有效的監(jiān)督管理機制，導致檔案資料殘缺不全，給檔案的收集、整理和歸檔帶來困難，嚴重影響了日后水利工程的正常維護與管理；

三是保管場所不定，安全難以保證。一些單位沒有固定的檔案室，有的把水利工程檔案存放在辦公室或與其他雜物一起存放在庫房里。保管場所不固定，安全措施不到位，很容易造成檔案資料受潮、受損，不利于檔案資料的長期保管，難以保證檔案資料的完整性和安全性；

四是收集方法單一，管理方式被動。一些單位不能根據(jù)不同水利工程特點，采取不同的檔案資料收集管理辦法。一方面，一些單位負責人和檔案管理者平時只注重抓工程質量、進度和安全等工作而忽略了檔案管理工作的前期投入和管理；另一方面?zhèn)�別檔案管理者缺乏檔案管理經(jīng)驗，只是機械和被動地從工程技術人員手中接收資料，致使工程原始資料收集不全；

五是人員多為兼職，專業(yè)人才缺乏。一些單位沒有配備專職的水利工程檔案管理人員，身兼數(shù)職、精力有限，加之未經(jīng)過專門的檔案管理業(yè)務培訓，對有關水利工程檔案的法律法規(guī)、管理制度及管理流程不熟悉，嚴重影響了水利工程檔案管理的質量；

六是硬件設施缺乏，管理手段落后。